跨学科论文查重是指涉及多个学科领域的论文进行查重分析。其难点主要体现在如何处理不同学科领域的专业术语、理论体系以及研究方法。首先，不同学科领域有着各自独特的术语和表达习惯，可能造成在查重软件中的误判。其次，不同学科对于文献引用的要求也有所不同，如何统一规范引用格式是一个挑战。此外，跨学科论文往往涉及到多种研究方法，如何确保查重结果的准确性也是一个难点。

在进行跨学科论文查重时，可以采取一些策略来解决难点。首先，建议在查重前对论文进行细致的学科归类，明确各个学科领域的特点和要求。其次，可以借助专业的学科词典或者专家意见，对跨学科术语进行准确理解和使用。此外，可以选择多个查重软件进行综合比对，确保查重结果的全面性和准确性。最后，建议在查重过程中，注重学科交叉的部分，避免遗漏重要内容。